Linux, a diferencia de Windows, utiliza otro sistema de archivos. No hablo de otro tipo de carpetas o rutas de ficheros, sino otro método para almacenar físicamente los datos en el disco duro.
Windows, hasta la versión 98 usó FAT32, con la entrada del Windows 2000 empezó a usar el sistema NTFS que ha heredado el Windows XP y el Windows Server 2003. Windows Vista, tal vez, incorpore un nuevo sistema de archivos, WinFS, pero eso ya se verá.
Linux ha pasado por varios, siendo el Ext2 y el Ext3 los más extendidos, valga la redundancia.
Desde Linux es posible acceder de modo nativo a las particiones FAT32, sin problema alguno, con permisos de lectura/escritura mientras que con particiones NTFS tiene soporte de lectura y, según la pericia del usuario, también de escritura.
Windows, a diferencia, de Linux, no posee soporte para sistemas de archivos linux, ya sea Ext2 o Ext3. Hasta hoy...
Stephan Schreiber ha escrito un controlador para los sistemas de archivos de Ext2 y Ext3 sobre Windows, el cual permite lectura/escritura, desfragmentación y todo lo que pudieses hacer desde Linux.
Sitio oficial | Ext2 Installable File System. Vía | OSNews.