Si Java está hecho para que sea portable y que no dependa del SO dónde se corra, ¿por qué no hacer un SO que sea a la vez máquina virtual de Java? Algo así han debido pensar los desarrolladores de JNode, un sistema operativo con muy poquito tiempo de desarrollo, cuyo objetivo es que cualquier aplicación escrita en Java pueda correr sin problemas y a la máxima velocidad.
Para ello, han incrustado la máquina virtual de Java en el mismo núcleo del SO, optimizando todo lo posible la ejecución de aplicaciones en java. Además, todo el aspecto del GUI (menús, ventanas, etc...) está escrito en Java, para darle más consistencia. Este proyecto todavía está muy verde, y aunque funciona y se puede instalar, no está ni mucho menos preparado para no desarrolladores, como se puede apreciar en "estas capturas"http://www.jnode.org/node/132.
"JNode":http://www.jnode.org/